口袋妖怪黑白的故事发生在全新的合众地区，玩家将扮演一名口袋妖怪训练师，开始自己的冒险。游戏中有着对理想与真实主题的深入探讨。玩家在旅途中遇到的主要反派团伙是等离子团，他们以解放口袋妖怪为名，其真正目的却是为了控制世界。游戏的故事情节重点探讨了人与口袋妖怪之间的关系以及自由意志的重要性。
口袋妖怪黑白2则是在原版的基础上，故事线发展到了两年后的合众地区，延续并扩展了前作的故事。等离子团分裂为两个派别，一部分人继续追求利用口袋妖怪的力量来改造世界，而另一部分则反省了之前的行为，致力于保护口袋妖怪。作为续作，黑白2加入了许多新元素和新地点，为玩家提供了新的探索体验。它也通过丰富的后续故事，使得整个合众地区的世界观更加完整。
黑白系列引入了许多创新性的游戏机制。首次加入了动态的三维视角，提升了游戏的视觉效果。该作为了加强战斗的策略性，新增了季节变换系统，不同的季节会出现不同的口袋妖怪，甚至是特定季节才能到达的地区。
口袋妖怪黑白2在原有的基础上进行了扩展和改进。游戏中加入了已知序列战斗模式，提供了新的挑战，以及口袋妖怪世界锦标赛，让玩家可以和历代的口袋妖怪训练师对战，这些都大大丰富了游戏的可玩性。新版还增加了随机对战功能，玩家可以通过网络与世界各地的玩家进行战斗。
口袋妖怪黑白在初始发行时，只包含了全新的第五世代口袋妖怪，直到主线剧情完成才能获得之前世代的口袋妖怪。这种设定让玩家有全新的探索和发现感，但也因此收到了一定程度上的争议。
相比之下，口袋妖怪黑白2则从游戏开始就提供了丰富的口袋妖怪选择，包括第一世代到第五世代的多种口袋妖怪。配合不同的季节和地点，玩家能够遇到更多样化的口袋妖怪，使得口袋妖怪的收集和探索更加有趣。
口袋妖怪黑白与口袋妖怪黑白2虽然都是以合众地区为背景，但在故事情节的扩展、游戏机制的创新、以及口袋妖怪的可获得性等多个方面都有显著的差异。无论是深入讲述人与口袋妖怪之间复杂关系的口袋妖怪黑白，还是在此基础上扩展更多有趣玩法和探索体验的口袋妖怪黑白2，都给玩家提供了独一无二的游戏体验。这两款游戏各有特色，值得所有口袋妖怪系列的粉丝体验和探索。
